ตั้งแต่วัยหนุ่ม ครูไพบูลย์ บุตรขัน ป่วยเป็นโรคเรื้อนและไม่มีเงินรักษาอย่างจริงจัง [5] ครูไพบูลย์เก็บตัวเงียบไม่ออกสังคม โดยได้รับการดูแลอย่างใกล้ชิดจากนางพร้อม ประณีต ผู้เป็นมารดาจนนางพร้อมเสียชีวิตในปี พ.ศ. 2508 [6] แต่ได้ความช่วยเหลือจากเพื่อนฝูง พาไปรักษาจนหายดี แต่ก็ยังมีร่างกายพิการ ต่อมาได้กลับมาเป็นโรคร้ายอีกครั้ง และใช้ยาเสพติดเพื่อบรรเทาอาการ และเข้าบำบัดที่สำนักสงฆ์ถ้ำกระบอกจนหายขาดในปี พ.ศ. 2502

ครูไพบูลย์ บุตรขัน สมรสกับ ดวงเดือน บุตรขัน นักแต่งเพลงลูกศิษย์ครูไสล ไกรเลิศ ที่เป็นเพื่อนกัน ทั้งคู่ร่วมงานกันและแต่งงานกันในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2511 แต่ครูไพบูลย์ได้ล้มป่วยด้วยโรคลำไส้ อาเจียนเป็นเลือด หลังจากนั้นไม่นาน จนกระทั่งเสียชีวิตเมื่อวันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2515 (อายุ 56 ปี) ได้รับพระราชทานเพลิงศพเมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2516